南京医科大学保卫处（部）是承担学校安全管理、维护学校稳定秩序的职能部门。保卫处（部）以“服务师生需求、构建平安校园、保障一流建设”为工作目标，秉持“以人为本、预防为主、规范管理、系统治理”的基本原则，面向南京医科大学全体师生，开展安全管理、安全教育和安全服务。保卫处（部）具体负责治安、交通、消防、校园秩序、集体户口、安全宣传教育、信息调研等日常管理工作，建设维护安全技术防范系统，履行对校内单位安全管理工作的指导、检查、协调、服务职能，落实安全管理法规，完善校内安全管理制度，协助、配合政府有关部门开展工作，为营建平安和谐的校园育人氛围、促进学校事业发展保驾护航。

       保卫处（部）下设综合办公室、消防科、治安科、技防科4个科室，现有工作人员15人，校卫队员65人。